NCIS冷战

在1950年的朝鲜战争之后，NCIS主要的特工缺乏特权，这种状态延续到冷战时期。1966年，海军调查处（Naval Investigative Service，简称NIS）作为一个与ONI相区别的组织成立了。在1969年，NIS特工转变为非文职的行政人员。

在1992年， Roy D·Nedrow成为如今海军犯罪调查处（Naval Criminal Investigative Service简称NCIS）的第一个主管。Nedrow对NCIS进行了改革，在美国内部设立了14个办公室，同时在全球监督了NCIS的140个办事处。1995年， NCIS加入了“冷血谋杀案”调查组。